1.适用对象不同：研发费用加计扣除仅适用于财务核算健全并能准确归集核算研发费用的居民企业，而研发费用据实扣除适用于能够准确核算研发费用的所有企业。

2.行业限制不同：享受研发费用加计扣除的企业有负面清单行业的限制，而据实扣除则没有负面清单行业的限制。

3.研发费用范围不同：加计扣除的研发费用范围限于财税【2015】119号等文件列举的6项费用及明细项，而据实扣除的研发费用按照税收及财务会计制度的规定确定。